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É possível excluir categorias e subcategorias do sistema apenas se elas não possuam produtos vinculados a elas. Para isso, acesse o menu VENDAS > LOJA VIRTUAL > CATEGORIAS.
Selecione a opção que deseja excluir e clique no botão x do lado direito para confirmar a operação.
O mesmo vale para as subcategorias, basta clicar no botão X do lado direito.
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Atenciosamente,
Essa informação está desatualizada, hoje as categorias só podem ser utilizadas se o item estiver ativado para loja virtual.