ERRO CALCULO PIS COFINS DEDUÇÃO ICMS BASE DE CALCULO

Bom dia,estamos fazendo devolução de compra onde observamos que no campo calculo pis e cofins o sistema esta deduzindo o valor do icms na base de calculo do produto mas sem considerar a base de claculo reduzida deste produto especificamente. 

valor do produto 1.229,00 aliquota icms 17% base reduzida 41,17% icms base de calculo 723,02 icms 122,91 

ai para calculo do pis e cofins teria que ser o valor do produto 1229,00 menos icms 122,91 = 1106.09 aplicando aliquota de 1,65 pis e 7,60 cofins ficaria 18,25 e 84,06 respectivamente. o sistema esta aplicando a seguinte calculo. valor do produto 1229,00 icms de 17% sobre o valor total do produto sem considerar a redução da base de calculo = 208,93 = 1020,07 apliando aliquota 1,65 pis e 7,60 cofins ficando 16,83 e 77,52. ficando diferente da nota fiscal de origem/compra.